Trường được thành lập trên cơ sở là Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế Thành phố, đảm nhận công tác đào tạo điều dưỡng trung cấp và nữ hộ sinh,dược tá. Người đặt nền móng và cũng là người sáng lập trường là Viện sĩ - Tiến sĩ - Bác sĩ Dương Quang Trung.
Ngày 15 tháng 3 năm 1989, với quyết định số 59/CT của Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng đã cho phép thành lập Trung tâm đào tạo bồi dưỡng cán bộ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh. Trung tâm chính thức nằm trong hệ thống các trường đại học của Việt Nam.
Tháng 9 năm 1989, Trung tâm sáp nhập thêm cơ sở 520 Nguyễn Tri Phương (do Học viện Quân y chuyển giao), Trung tâm bắt đầu giảng dạy niên khóa đầu tiên.
Trước đây, ngay từ khi thành lập năm 1989, TTĐTBDCBYT TP.HCM được giao nhiệm vụ như một trường Đại học Y của Thành phố Hồ Chí Minh, nên trong suốt quá trình phát triển 20 năm, TTĐTBDCBYT TP.HCM trước đây và nay là Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đã đào tạo 14 khóa gồm hơn 1422 bác sĩ đa khoa chính quy tham gia vào hệ thống y tế của Thành phố, bên cạnh đó, trường cũng đã cung cấp hơn 8.000 điều dưỡng và trên 500 bác sĩ tuyến y tế cơ sở (hệ Đại học Y tập trung 4 năm) bổ sung cho nguồn nhân lực y tế cho vùng sâu vùng xa của các tỉnh thành phía Nam từ Đà Nẵng trở vào.
Các sản phẩm của Trường được xã hội chấp nhận và đánh giá khá cao, mà bằng chứng là mỗi năm, Trường nhận được số nhiệm sở yêu cầu từ các đơn vị y tế của Thành phố và đơn vị Trung ương đóng trên địa bàn Thành phố gấp 5 lần số bác sĩ và gấp 4 lần số điều dưỡng tốt nghiệp. Bên cạnh đó, Trường cũng bồi dưỡng sau đại học cho hàng ngàn bác sĩ các chuyên khoa như chẩn đoán hình ảnh, gây mê hồi sức, tai mũi họng …
Hiện trường có quy mô đào tạo là hơn 9.000 học viên, sinh viên, trong đó hệ Đại học là hơn 7.500 sinh viên và hệ Sau Đại học là hơn 1.500 học viên. Trường đang phấn đấu trở thành một trường đa ngành thuộc khối ngành khoa học sức khỏe, chịu trách nhiệm đào tạo nguồn nhân lực y tế có trình độ cấp đại học, sau đại học phục vụ cho công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe cho cộng đồng tại TPHCM; tiến tới trở thành một cơ sở đào tạo và nghiên cứu y học trọng điểm của khu vực phía Nam và của cả nước.
